La Facultad de Economía de la Universidad Autónoma "Benito Juárez" de Oaxaca, tiene sus antecedentes en el Sistema de Universidad Abierta creado en 1985, donde adicionalmente a la Licenciatura en Economía se ofrecían los programas de Historia y Lengua y Literatura Hispánica.

Con fecha 06 de Enero de 1987, el Consejo Universitario determina que en el Sistema de Universidad Abierta, solamente se impartiría la Licenciatura en Economía. El plan de estudios fue aprobado en Julio de 1995 con fecha retroactiva a Septiembre de 1993.

El 09 de Abril de 2008 el Consejo Universitario aprobó la creación de la Escuela de Economía y a partir de Agosto de 2008 se ofrece la Licenciatura en Economía en la modalidad escolarizada. El programa educativo fue aprobado por el H. Consejo Universitario el 24 de Febrero de 2009, retroactivo al 09 de Abril del 2008.

A partir de Agosto de 2008, la Escuela de Economía de la UABJO ofrece la Licenciatura en Economía, en su modalidad escolarizada y abierta. En abril de 2017, el Consejo Universitario aprueba el plan de estudios de la Maestría en Proyectos Productivos Sustentables y la Escuela de Economía se eleva a rango de Facultad.