Existen dos Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento en la Maestría en Proyectos Productivos Sustentables. La primera de ellas está encaminada a realizar trabajos de aplicación en Agronegocios y Servicios. La segunda línea de investigación lleva por nombre Finanzas y Políticas Públicas y está orientada a aspectos de financiamiento privado y público. Las optativas que se han establecido, están orientadas a satisfacer los requerimientos y competencias que esos sectores necesitan, con ello, los estudiantes generan competencias profesionales que inciden en la resolución de conflictos económicos y sociales.
Existen catorce Unidades optativas, que se conforman en dos bloques: Agronegocios y Servicios, y Finanzas y Políticas Públicas, integradas por siete Unidades Formativas, cada uno, corresponde con las Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento (LGAC) que se operan en el Programa Educativo.
La línea de Agronegocios y Servicios, se enfoca en especializarse en el estudio y desarrollo de empresas productivas con un enfoque sustentable, abarcando la formulación de proyectos de transporte y turismo sustentable, las alternativas de financiamiento en entidades económicas de menor escala, la gestión de unidades productivas, el diseño de esquemas de inversión socialmente responsables, la implementación de servicios ambientales y la incorporación de elementos científicos, tecnológicos e innovadores a los proyectos productivos.
La línea de Finanzas y Políticas Públicas, prepara para realizar proyectos que atiendan problemas a mayor escala relacionados con las finanzas de las empresas y políticas públicas enfocadas al medioambiente, que incluyen el análisis de la composición y estructura del sistema financiero, el desarrollo de soluciones a problemas del medio ambiente, la optimización de la rentabilidad y valor de las entidades económicas, el estudio de problemáticas microeconómicas y macroeconómicas, el análisis espacial y estadístico de los sistemas de información geográfica, así como el desarrollo de soluciones encaminadas hacia el desarrollo del contexto local y regional.
